企業所得稅匯算清繳退稅收到的款項應當計入本期收入，即將相應的資金登記到“收入”科目中，同時將“應交稅費”科目歸零，以體現賬面上的真實狀態。同時，還必須將應納稅額與實際繳納的稅額作比較，如果實際繳納的稅額高于應納稅額，那么在匯算清繳后，企業可以對應減少應交稅費，補充使用“資本公積”、“盈余公積”、“本年利潤”、“營業外收入”等科目；反之，如果實際繳納的稅額低于應納稅額，那么在匯算清繳后，企業應當補充使用“稽查費用”、“營業外支出”等科目，保證賬面上的實付稅額與實際繳納的稅額相符合。