處理海關繳款書缺聯的方式通常有以下幾種：1）補全聯：缺失的聯向當地海關申請補領；2）手寫聯：采用自行手寫補充聯，然后向當地海關提交；3）當地海關聯：采用當地海關提供的聯替代；4）改點手續：采用其他改點手續代替聯。