物流公司開發票的有效稅率取決于當前地區的稅收政策。通常，大多數物流公司會根據當前地區的稅收政策，自主確定發票稅率。在實際操作中，您也可以根據當前地區的稅收政策，與物流公司協商，發票稅率是否可以調整到6%。