是的，您可以同時開物流公司的9%運費和6%倉儲服務的增值稅發票。發票格式按照財政部（國家稅務總局）《增值稅普通發票使用規定》（國家稅務總局令第107號）規定執行。發票內容應注明運費及倉儲費用的服務內容、單位名稱、納稅人識別號，以及計算的9%運費和6%倉儲服務的增值稅額，并計算在收款金額中。 在開具發票的過程中，需要確保計算的9%運費和6%倉儲服務的增值稅額正確，以避免稅務部門退稅時有關稅項余額不足的情況發生。此外，當企業提供運費及倉儲費用服務時，還需要繳納營業稅或消費稅，以及印花稅等費用。因此，在開具發票的過程中，還需要關注和控制這些稅項的金額，以確保合規性。 另外，在倉儲服務上，如果涉及到冷鏈科技服務，技術服務費用是不得開具增值稅發票的，因此，在合同簽訂前需要強調清楚，以確保一致性稅收的合規性。