專款年終處理首先應根據有關財務會計制度和有關財務管理規定制定相應的管理辦法。具體包括：1.明確專款用途及使用條件；2.建立完善的財務核算科目體系；3.設置相應的財務管理制度，明確財務報表、明細帳等等；4.明確專款審批流程，完善財務管理措施；5.定期監督專款使用情況，組織專款財務工作檢查，對指定人員簽發支出收據；6.完善財務報表，實行雙重核算；7.定期報送財政部門相關報表；8.嚴格管理專款流轉，及時處理未被支出的專款，做到合規、公平、有序。