企業年金計稅工資扣除一般是按月扣除，也就是說，用戶每月企業年金計稅工資的4%將會被扣除個人所得稅，以作為稅金的繳納。舉例來說，比如某某公司有一名員工，他的每月工資是10000元，那么每月他的企業年金計稅工資4%即400元將會用于繳納個人所得稅。另外，在繳納個稅的時候，增值稅和營業稅也會被扣除，但是這些稅收的比例會因個人所屬公司而有所不同。