如果發票金額比報關單少了50多塊錢，那么應該及時將報關單與發票金額進行核對，以避免外匯管理機構查詢時報關單和發票金額不符，帶來了麻煩。 具體到賬務及申報，一般情況下，當發票金額少于報關單金額時，公司應該及時開具補開發票，按照實際報關數據開具。 此外，在實際申報時，公司也應當正確填寫申報的報關資料，確保報關單與發票金額相符，避免政府審核不通過，導致報關單延時審核或扣押。 總之，當發票金額和報關單金額不符時，應當及時發現并做出相應的處理，以確保外匯管理合規和報關申報順利通過。