首先，如果發現出口普通發票的數量、金額與報關單不一致，企業應馬上采取措施，查明情況，做好核實處理工作。確認原因后，可以結合實際情況，靈活采取處理措施，采取正確的財務處理辦法，尤其是對于跨月匯總開具發票，要仔細核對匯率是否準確。一般來說，企業可以按照有效發票的計算方法，根據購買方（報關單）提供的價格，重新計算金額，重新開具發票，再更新報關單與發票的數據，并向稅局進行備案。 此外，為預防類似問題的發生，企業也要養成良好的記賬習慣，加強對出口普通發票的有效性的驗證，加強管理，做到自查自糾，以確保發票的真實有效。