建筑公司應當根據三方協議來處理賬務。涉及的稅費主要有增值稅，增值稅是指對先行勞動、資本和物質投入所產生的價值增加，以及其他經濟活動成果而征收的稅種，可以分為進項稅和銷項稅。建筑公司需要針對三方協議向稅務機關報稅，避免被稅務機關誤罰。 此外，建筑公司還需要注意財產交易所後所涉及的稅收。房產抵賬所產生的所有權變更，將導致土地、房地產稅、房屋消費稅等稅收的交納。這些稅收均由建筑公司承擔，建筑公司應當及時向稅務機關報稅，以免被誤罰。 拓展知識：建筑公司還需要在三方協議中確定財產抵賬的稅費比例，為了避免由于抵賬稅費比例計算不當而影響賬務處理，建筑公司需要向會計師征求意見，以免納入錯誤的稅費。