根據海關的有關規定，境外收貨人必須與報關單上的一致。因此，在此情況下，發票不能開給深圳的關聯公司，而應該開給香港的A公司。如果對方出具關聯公司證明，則可以在報關單上注明深圳的關聯公司，以表明收貨人的合法性及發票的最終接收人。另外，由于出口報關過程會觸碰到海關，同時也存在相關的法律法規，如海關進出口稅則條例等，因此操作時應注意相關法規及海關規定，以避免違反海關規定及發生報關糾紛。此外，有關報關單的填寫格式也需要按照海關規定來填寫，以減少可能出現的報關問題。