增值稅留底退稅操作主要包括以下步驟： 1、申請退稅：根據稅收征收管理的有關規定，納稅人應當在發生納稅計算和稅款繳納義務后，按規定填報申請退稅的申請表，把納稅計算及繳納稅款的證明材料一并提交稅務機關以供審核。 2、準予退稅：稅務機關對納稅人提出的申請進行審核，經審核確認后，按規定由當地財政主管部門準予退稅。 3、支付退稅：稅務機關根據準予退稅的決定，將退稅金準確無誤地匯入納稅人的賬戶。 拓展知識：增值稅留底退稅的期限一般為3個月。稅務機關審核納稅人提出的申請后，會盡快將退稅金支付給納稅人，以減輕納稅人的負擔。納稅人申請增值稅留底退稅時，應按照規定準確確定稅款科目，并準確計算稅款。