處理已經審核通過的憑證錯誤的實質是進行逆向審計。首先，應立即停止對錯誤憑證的入賬處理，并仔細查閱財務記錄，如果有發現有問題，及時進行處理；然后，應立即通知會計科目管理部門，及時糾正會計科目；最后，應當盡量做到帳目的完整性，如果發現已經審核的憑證及入賬的結果是正確的，應當作為檢查依據放在文件當中，以作為今后的參考。 此外，可以通過分析審計數據，運用統計學方法，建立流程監控系統，通過研究歷史帳目和發票信息，及時發現憑證審核中的問題，進行預防性審計，以最大限度減少審計過程中出現錯誤的可能性。