根據物業管理協議，甲方公司要求乙方公司代收物業水電費，與商戶的費用根據甲方的規定收取，同時甲方也要求乙方開具發票給商戶。在此情況下，商戶需要由乙方公司提供發票，這符合《中華人民共和國物權法》的規定，具體來說，《中華人民共和國物權法》第一百二十一條規定，被訂購人可以要求訂購人開具發票。在乙方公司代收代付物業水電費的情況下，乙方公司就是被訂購人，商戶就是訂購人，所以乙方應當對商戶開具發票。 拓展知識：在開具發票時，除了需要遵守物權法的規定外，乙方公司也需要遵守《中華人民共和國發票管理條例》的規定，《中華人民共和國發票管理條例》第二十四條規定，發票使用者應當保證發票正確、完整地保管，發票使用者未依法保管發票或發票被盜用，造成發票使用者無法依法提供發票，發票使用者應當承擔責任。