不會影響退稅，因為外貿企業購買商品一般都是銷售到海外的，所以出口和退稅是分開的兩個過程，也可分成兩次申請。外貿企業首先要向海關申報出口，出口后收到報關表，可向稅務機關申請退稅。拓展知識：外貿企業退稅有兩種模式：一是內銷外退，在內銷海關報退；二是外貿出口退稅，根據省市稅務的規定，外貿企業需要在出口后的45天內申請退稅。