是可以分別申報的，運輸合同是當事人因運輸標的物而簽訂的權利義務關系；買賣合同則是當事人因購買和出售標的物而簽訂的權利義務關系。另外，運輸合同可以獨立申報，不影響買賣合同的申報，但買賣合同不能獨立申報，運輸合同作為買賣合同的補充內容，仍需收錄在買賣合同中。拓展知識：在國內，與合同申報有關的法律法規有《合同法》、《民商法通則》、《民法總則》等，這些法律法規對申報的合同類型、合同的內容、申報的規范等都作出了相應的規定與要求。