是的，如果對方打款附言是保證金，那么可以在往來款中入賬。在企業會計系統中，保證金是指一種為了確保企業按照合同約定完成承諾而收取的一種款項，屬于企業資金的一種形式，可以采取抵扣的或者另外結算的形式處理，資金的歸集可以在往來款中入賬，把這筆資金入往來款，但是要在往來款中標明“保證金，結算”的說明，以便于在進行報表的時候能夠清楚地分辨出來。 另外，在入賬保證金時，要結合具體約定及業務邏輯進行記賬，具體分類歸屬應該如何處理要結合約定的內容而定，歸屬銷售收入類還是關聯類、費用類、貸方往來款類等，要根據保證金的來源及用途進行分析判斷。