根據財務會計知識，員工離職，但是公司幫他交了社保，個人部分他不愿意承擔，工資也不夠扣全額已發放的情況，公司承擔的部分應當入賬的做法是： 1. 在會計科目中增加一個“社會保險費支出”，分兩個子科目，一個是“個人應付款”，另一個是“公司承擔部分”； 2. 將工資實發金額減去個人應付款，公司承擔部分用借方代入“公司承擔部分”科目，貸方代入付款現金科目； 3. 原來個人應付款進的是其他應付款，公司承擔部分余額應該借方代入“其他應付款”，貸方代入應付職工社會保險金科目，或者付款現金科目。 關于上面的做法，強調一點是：需要嚴格按照財務科目入賬，確保賬務準確，以免影響企業未來財務分析報表的準確性。此外，在社會保險費支出這個大類上，如果是跨月支出的，要嚴格按照具體情況做正確的入賬調整，避免繳費金額與承擔部分的借貸出現偏差。