可以入賬。小規模納稅人分公司的發票開在總公司抬頭的情況，主要是指分公司作為總公司的獨立單元進行財務核算。依據企業所得稅法規定，小規模納稅人分公司必須獨立核算，發票也必須獨立開具，分公司可以開具抬頭為總公司的發票，但發票上需要加上“分公司”字樣，因為發票是實際付款人和收款人之間進行結算的唯一憑證，發票抬頭必須準確無誤。對于發票經分公司獨立核算入賬，實際上也是分公司作為總公司的獨立單元進行核算的一部分，只要符合發票開具的法律法規要求，都可以入賬。 拓展知識： 小規模納稅人分公司財務核算和報稅與企業所得稅法規有關，可以根據企業所得稅法規要求，對分公司的發票開具和核算進行準確無誤的管理，從而保證發票的正確開具和正確的財務核算，準確完整的交納稅款，避免不必要的重復支付和罰款。