土地增值稅清算是按一二期清算，而不是整體清算。增值稅清算應依照小區項目的實際發展情況即時清算，其原則是：清算期間內小區內的建設進度有按計劃進行的，則在不同的建設階段應分別清算；而如果小區內的建設工程超出了本次計劃，則應將多次建設當做一次清算。 土地增值稅清算要符合相關稅收法規。按照《中華人民共和國國家稅務總局關于土地使用稅優惠政策有關問題的通知》，土地增值稅清算應當采用時間段來清算。清算期間內，在影響房地產價格的建設工程達到規定要求時要進行一次清算，建設工程超出規定要求時要將多次建設當做一次清算。 增值稅清算應當遵守稅收法規，并給予適當的優惠，針對不同的清算期間適當審慎斟酌，有利于提高政府收入，促進經濟發展。