合作社應該開具普通發票，面粉加工銷售公司可以從應納稅收入中抵扣本期應納稅額，抵扣比例為17%。抵扣費用項目包括合法納稅人出售的增值稅一般納稅人有權抵扣的費用，包括但不限于：符合國家財政部門有關規定的購進增值稅專用發票貨物和勞務、支付的增值稅；購買和使用服務減少營業收入的服務費用和材料費用；購買農產品以及加工、批發、零售業所使用的生產設備、原料；購買自用車輛時繳納的購置稅和其他稅金；購買并安裝節能設備時繳納的購置稅、安裝費或者安裝費用；購買本期生產經營所需的機器設備、設施、用具、原材料及非通用商品時繳納的購置稅；購買自用房屋時繳納的購房稅；其他合法納稅人繳納的應稅收入。 拓展知識：在開具增值稅發票的過程中，應該根據稅務機關的規定，做好完善的憑證管理，以及稅金申報工作，保證納稅義務的正確清楚。可以把有關的財會憑證的電子文檔保存起來，以備稅務機關查詢檢查，以及便于自己日后核對檢查。