處理進項發票勾選認證重復或者進項稅額大于銷項稅額的問題，首先要檢查發票是否有錯誤，比如發票狀態是否正確，發票金額是否正確，發票稅額是否正確，發票是否有重復；如果發票有錯誤，應及時更改或者重新開具發票；如果沒有錯誤，而是稅務系統的問題，可以進行留抵處理，將本期不可抵扣的稅額留抵到下一期使用；另外，關于報稅，要按照稅務系統要求，正確填寫發票信息，避免出現進項發票勾選認證重復和進項稅額大于銷項稅額的問題。拓展知識：在納稅人申報時，可能會遇到發票不全、重復發票、收據等問題，納稅人可以根據《稅務局發票管理辦法》和《稅收征收管理法》的規定，采取正確的發票補開和調整稅務局的處理措施，可以達到稅務報稅的目的。