是的，高速公路通行費專用發票可以抵扣稅。根據《中華人民共和國發票管理條例》規定，高速公路通行費專用發票可以作為抵扣稅費的憑證。抵扣的方式是：把這些專用發票的費用匯總起來，列入稅款申報表，把它們作為應納稅款減免的項目之一，由稅務機關核算后，減免納稅人應納稅款。 拓展知識：根據《中華人民共和國發票管理條例》，發票分為增值稅專用發票，普通發票，收據以及其他發票，其中增值稅專用發票是由稅務機關頒發的，可以作為納稅憑證，可以抵扣稅款；普通發票不作為稅務憑證，不能抵扣稅款；收據不作為稅務憑證，不能抵扣稅款。