高速公路通行費專用發票可以抵扣費用。抵扣原則是：收費站出具的高速公路通行費專用發票在規定期限內，可以單獨在其他收費站抵扣相應的通行費。抵扣的有效時間一般為六個月，不能隨意延長。 除了在收費站抵扣外，購買高速公路通行費的車輛持有的高速公路通行費專用發票，也可以在路政管理、公路行政執法單位按照規定形式報銷，抵扣對應的路政管理費用。 拓展知識：高速公路通行費收費分為自行收費和政府收費，自行收費是指收費站出具專用發票收取開放公路上的設施使用費。而政府收費是指由政府部門出具的費用，主要涉及路政管理費、公路行政執法費等。