電子專用發票的電子簽名有效性驗證，主要是通過對簽名者的身份進行認證，以及對簽名的有效性進行確認。首先對身份認證，需要使用者先完成認證流程，如身份證明，賬號驗證，信息完整性校驗等流程，以確定用戶身份。其次就是對簽名的有效性進行驗證，要確保簽名完整有效，無任何被修改的行為，因此可以使用消息摘要算法（如MD5等）采集要簽名的信息，并將對信息簽名，此簽名與用戶簽名結果進行比對，如果一致，就能夠證明用戶有效簽名。 此外，在數字簽名的世界里，還有更多的安全技術來驗證和保證電子簽名的有效性，比如已知技術如公鑰基礎設施（PKI），數字證書，時間戳等，它們極大地提高了簽名的安全性。