在勞動合同到期后企業(yè)仍有代扣社保公積金的情況下，按照《中華人民共和國勞動合同法》的規(guī)定，勞動關(guān)系仍然存在，在勞動合同到期后繼續(xù)履行義務(wù)的，應(yīng)當(dāng)繼續(xù)依照勞動合同的約定履行義務(wù)，雙方應(yīng)當(dāng)由調(diào)解協(xié)商解決，進行補充協(xié)議簽訂。 拓展知識：如果勞動合同到期后雙方不能達成一致協(xié)議，則可能需要仲裁機構(gòu)裁決或者進行訴訟。訴訟時，雙方可以以勞動合同為訴訟請求，以確認是否存在勞動關(guān)系，確定雙方權(quán)利和義務(wù)，要求繼續(xù)履行勞動合同等內(nèi)容，由法院來判決是否存在勞動關(guān)系，以及如何處理。