不是勞務費發票就要代扣，工程款也需要代扣嗎？

是的，一樣的性質，反正都是給個人。

只要是以個人名義代開的所有發票，包括勞務、工程、商品類的發票都需要付款單位代扣個稅對嗎？具體代扣率和實際操作是怎樣一個流程呢？

是的，都要代扣，代扣稅率看看窗口是核定征收還是參照常規稅率計算咯，各地可能有差異。