是會計操作的還是員工自己操作的？

你好，都可以的，自己選擇。

會計在自然人電子稅務局給他申報了，他在個稅APP里面，個人就不能自已填寫。

如果信息采集有一個孩子的累計子女教育之后個稅申報會自動扣除這1000元嗎？6000的工資就不用繳納個稅了嗎？還是還需要繳納只是匯算清繳時會返還？

你好，預繳的時候就可以填寫，預繳的時候每個月申報就可以抵扣，不需要交稅。

也就是信息采集完數據不會帶出，需要自己手動填寫？

當月的需要填寫 累計的，它自動出。

就是說當月把累計教育支出填寫上去1000元，就和社保個人部分一樣，然后模板導入后，自動帶出匯總數據？

哦對的是的是這么做。