然后還款是直接從公賬轉到私人賬號嗎

對，是這個操作的，好多公司都這樣做。

這樣操作如果稅務局查到會有什么風險嗎

也是這樣直接做賬就行唄

直接這樣做賬就行，但是不要經常向員工，老板借款，畢竟借款的對象還是金融機構。