企業長期零申報的害處： 1、稅務機關將納稅人納入重點監控范圍，并按照相關規定進行納稅評估，在評估過程中發現其存在隱瞞收入、虛開發票等行為，要求其補繳當期稅款瑟滯納金，并可按規定對其處以罰款，情節嚴重的移送稽查。 2、虛假申報享受稅收優惠的納稅人直接評定為D級納稅人，承擔D級納稅人后果。 3、對長期零申報且持有發票的納稅人，發票降版量。同時可以按規定要求納稅人定期前往稅務機關對發票的使用進行核查。 4、稅務機關通過核查，可以按照相關規定采用成本費用公式核定納稅人收入。