1、適用范圍不同： 農產品進項稅額核定扣除適用以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人。 計算扣除適用于其他納稅人直接從農業生產者處購進免稅農產品的情形。 2、扣除率不同： 農產品進項稅額核定扣除適用的扣除率是銷售的產成品的稅率，可以是16%，也可以是10%。 計算扣除適用于10% 3、計算的方法不同： 農產品進項稅額核定扣除分為投入產出法、成本法、參照法。 投入產出法 當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額＝當期農產品耗用數量×農產品平均購買單價×扣除率/(1＋扣除率) 當期農產品耗用數量＝當期銷售貨物數量(不含采購除農產品以外的半成品生產的貨物數量)×農產品單耗數量 成本法 當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額＝當期主營業務成本×農產品耗用率×扣除率/(1＋扣除率) 農產品耗用率＝上年投入生產的農產品外購金額/上年生產成本 參照法 新辦的試點納稅人或者試點納稅人新增產品的，試點納稅人可參照所屬行業或者生產結構相近的其他試點納稅人確定農產品單耗數量或者農產品耗用率。 計算扣除 進項稅額=買價×10%