您好，一般情況下，農村合作社開出的農產品零稅率的發票，不能計算抵扣增值稅的。如果是農業生產者開出的免稅發票，一般納稅人收到這種發票，可以計算抵扣增值稅的。 票面零稅率和免稅發票的區別是 1適用范圍不同 財稅〔2016〕36號文附件1《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第十五條第(四)項規定，境內單位和個人發生的跨境應稅行為，稅率為零。具體范圍由財政部和國家稅務總局另行規定。 財稅〔2016〕36號文附件3《營業稅改征增值稅試點過渡政策的規定》規定了四十類項目免征增值稅;財稅〔2016〕36號文附件4《跨境應稅行為適用增值稅零稅率和免稅政策的規定》也規定了一些跨境應稅行為適用增值稅免稅政策的情形。 可見，增值稅零稅率僅僅適用于跨境應稅行為，而增值稅免稅政策不限于跨境應稅行為，也適用于境內發生的應稅行為。 此外，財稅〔2016〕36號文附件1《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第十九條規定，小規模納稅人發生應稅行為適用簡易計稅方法計稅;第三十四條規定，簡易計稅方法的應納稅額，指按照銷售額和增值稅征收率計算的增值稅額，不得抵扣進項稅額。可見小規模納稅人計算增值稅額時適用征收率，但是由財稅〔2016〕36號文附件1《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第十五條的規定可知，零稅率是增值稅稅率的一種，所以增值稅零稅率政策僅適用于一般納稅人，不適用于小規模納稅人。增值稅免稅政策適用于一般納稅人和小規模納稅人。 2.增值稅優惠幅度和進項稅額抵扣待遇不同 增值稅零稅率不僅是本交易環節(或流通環節)的增值額部分不用繳納增值稅，而且，以前各交易環節(或流通環節)的累積增值額也不用繳納增值稅，具體通過允許抵扣進項稅額來實現。但增值稅免稅政策僅僅是本交易環節(或流通環節)的增值額部分不用繳納增值稅，進項稅額不允許抵扣，計入交易成本，如果稅務和會計上已經抵扣了，需做轉出進項稅額處理。 3.稅收管理要求不同 零稅率是增值稅稅率的一種，只要符合稅法規定，就可以適用增值稅零稅率，并按月向主管退稅的稅務機關申報辦理增值稅退(免)稅手續。增值稅免稅是一項稅收優惠政策，一般需報稅務機關備案。 簡易計稅方法前提下沒有區別 財稅〔2013〕37號[全文廢止，參看財稅[2016]36號]文件明確規定：“提供適用零稅率的應稅服務……適用簡易計稅方法的，實行免征增值稅辦法。”可見，在這種情況下，兩者沒有區別。 適用簡易計算方法的有兩種納稅人：小規模納稅人；選擇了簡易計稅方法的一般納稅人。 一般計稅方法前提下區別明顯免征增值稅：應納增值稅為0，同時不能抵扣進項稅額。 適用零稅率：增值稅應納稅額=銷項稅額-進項稅額，適用零稅率即銷項稅額為0，應納稅額=0-進項稅額。這意味著可以退還稅款，或進項留抵。通過公式計算，有助于理解財稅〔2013〕37號[全文廢止，參看財稅[2016]36號]文件附件4第四條規定：“提供適用零稅率的應稅服務，如果屬于適用增值稅一般計稅方法的，實行免抵退稅辦法。” 相比之下，適用零稅率比免征增值稅更實惠。這就有助于理解財稅〔2013〕37號[全文廢止，參看財稅[2016]36號]文件附件1《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點實施辦法》第四十四條規定：“納稅人提供應稅服務同時適用免稅和零稅率規定的，優先適用零稅率。” 附件4第四條規定：“外貿企業兼營適用零稅率應稅服務的，統一實行免退稅辦法。”表面看，似乎給外貿企業以更多的扶持。但實際上，免退稅包括免稅和退稅，如果外貿企業選擇了簡易計稅方法，因為不能抵扣進項稅額，同樣只能免稅，沒有退稅。 稅收管理要求不同 增值稅有多檔稅率，零稅率也是增值稅的一檔稅率，只要符合文件規定，就可以適用零稅率。無須稅務機關審批或備案。 但免征增值稅卻是稅收優惠，要遵循稅收優惠管理的相關要求，或先經稅務機關審批，或報送稅務機關備案。 納稅人可以主動放棄免稅優惠(包括減稅優惠，下同)。但一經放棄，36個月內不得再申請免稅。《財政部、國家稅務總局關于增值稅納稅人放棄免稅權有關問題的通知》(財稅〔2007〕127號)規定：“要求放棄免稅權應當以書面形式提交放棄免稅權聲明，報主管稅務機關備案。”而且“一經放棄免稅權，其生產銷售的全部增值稅應稅貨物或勞務均應按照適用稅率征稅，不得選擇某一免稅項目放棄免稅權，也不得根據不同的銷售對象選擇部分貨物或勞務放棄免稅權。” 納稅人也可以放棄適用零稅率，選擇免稅或按規定繳納增值稅。放棄適用零稅率后，36個月內不得再申請適用零稅率。但如何辦理放棄適用零稅率手續，暫無規定。 對企業所得稅收入影響不同 適用零稅率與免征增值稅的區別還影響到企業所得稅。 直接減免的增值稅屬于財政性資金。而財政性資金要時符合三個條件，才可以作為不征稅收入——企業能夠提供規定資金專項用途的資金撥付文件;財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求;企業對該資金以及以該資金發生的支出單獨進行核算。具體文件見《財政部、國家稅務總局關于財政性資金行政事業性收費政府性基金有關企業所得稅政策問題的通知》(財稅〔2008〕151號)和《財政部、國家稅務總局關于專項用途財政性資金企業所得稅處理問題的通知》(財稅〔2011〕70號)。從實際情況看，很多企業都無法同時達到這三條，往往被稅務機關檢查時并入收入總額，計算補繳企業所得稅。 出口退稅則不視為財政性收入，不計算繳納企業所得稅(見財稅〔2008〕151號文件)。