補交上一年度增值稅的會計憑證處理如下：
1. 在記賬憑證中，增加一張“補交增值稅憑證”，記載補交的增值稅金額和相關信息。
2. 在借方列賬戶為“應交稅費”（或類似科目），表示應交增值稅的金額。
3. 在貸方列賬戶為“銀行存款”（或類似科目），表示支付補交增值稅的金額。
4. 根據實際情況，可能還需要在其他科目中進行相應的借貸方記賬。

需要注意的是，補交增值稅的會計憑證應當與原始的增值稅憑證相對應，并在憑證號碼上進行標注，以便于審計和核對。此外，補交增值稅的會計憑證應當及時處理，并在會計賬簿中進行記錄，以確保賬務的準確性和完整性。