企業注銷時，如果應收應付賬款有余額，需要按照以下步驟進行處理：
1. 對于應收賬款余額，需要核實客戶是否還有未結清的款項，如果有，應及時催收，將款項收回。如果客戶已經無法聯系或無力償還，需要將其列為壞賬，并進行相應的減值處理。
2. 對于應付賬款余額，需要核實供應商是否還有未結清的款項，如果有，應及時與供應商聯系，結清未付款項。如果供應商已經無法聯系或無力收回，需要將其列為壞賬，并進行相應的減值處理。
3. 對于應收應付賬款余額無法核實或無法收回的情況，需要按照會計準則的規定，進行相應的減值處理，將余額計提為損失。
4. 最后，需要將應收應付賬款余額在銀行賬戶中進行清算，將余額轉入企業的現金賬戶中，以便進行下一步的處理。

注銷企業時，應按照稅務和會計法規的要求，進行清算和結算，并及時向稅務機關提交相關的注銷申請和報告。