在建工程是一種長期資產，應該按照資產類別和使用目的進行分類和設置科目。一般情況下，在建工程可以設置為三級科目，具體設置如下：

一級科目：固定資產

二級科目：在建工程

三級科目：
1. 建筑工程：包括房屋、廠房、車間、辦公樓等建筑物的建設成本。
2. 機械設備安裝工程：包括機器設備、電氣設備、管道設備等的安裝成本。
3. 其他工程：包括土地整理、園林綠化、礦山開采、公路橋梁、港口碼頭等其他建設工程的建設成本。

在建工程的會計處理一般是采用“累計施工進度法”，即根據工程進度和實際發生的費用計算出工程已完成的成本，按照比例轉入固定資產賬戶。同時，在建工程的賬面價值應該經常進行評估和調整，確保其準確反映實際價值。