2008年新的《企業所得稅法》正式施行之后，財政部、國家稅務總局于2009年4月頒布了《關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）規定，對企業重組業務所得稅處理進行了規定。文件中規定，企業重組，是指企業在日常經營活動以外發生的法律結構或經濟結構重大改變的交易，包括企業法律形式改變、債務重組、股權收購、資產收購、合并、分立等。其中債務重組，是指在債務人發生財務困難的情況下，債權人按照其與債務人達成的書面協議或者法院裁定書，就其債務人的債務作出讓步的事項。需要注意的是，債務重組定義與《企業會計準則12號——債務重組》完全一致。按照文件中新的規定，債務重組的所得稅處理分為一般性稅務處理和特殊性稅務處理。
一、債務重組一般性稅務處理與會計處理
《關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》對企業債務重組一般性稅務處理的規定是：第一，以非貨幣資產清償債務，應當分解為轉讓相關非貨幣性資產、按非貨幣性資產公允價值清償債務兩項業務，確認相關資產的所得或損失。第二，發生債權轉股權的，應當分解為債務清償和股權投資兩項業務，確認有關債務清償所得或損失。第三，債務人應當按照支付的債務清償額低于債務計稅基礎的差額，確認債務重組所得；債權人應當按照收到的債務清償額低于債權計稅基礎的差額，確認債務重組損失。第四，債務人的相關所得稅納稅事項原則上保持不變。一般性稅務處理中計稅基礎的概念來自于新《企業會計準則》的規定：資產的計稅基礎，是指企業收回資產賬面價值過程中，計算應納稅所得額時按照稅法規定可以自應稅經濟利益中抵扣的金額。負債的計稅基礎，是指負債的賬面價值減去未來期間計算應納稅所得額時按照稅法規定可予抵扣的金額。同時新《企業所得稅法實施條例》第五十六條規定，“企業的各項資產，包括固定資產、生物資產、無形資產、長期待攤費用、投資資產、存貨等，以歷史成本為計稅基礎。歷史成本，是指企業取得該項資產時實際發生的支出。企業持有各項資產期間資產增值或者減值，除國務院財政、稅務主管部門規定可以確認損益外，不得調整該資產的計稅基礎。”
［例1］2010年2月1日，A公司將一批商品銷售至B公司，價款160000元，增值稅27200元。合同規定，B公司應于4月1日前支付貨款，但由于B公司財務困難，到期無法支付貨款。經雙方協商，決定于4月1日進行債務重組。重組協議規定，A公司減免債務32000元，B公司以現金償還其余貨款。
B公司的會計處理：
借：應付賬款——A公司 187200
貸：銀行存款 155200
營業外收入——債務重組利得 32000
A公司的會計處理：
借：銀行存款 155200
營業外支出——債務重組損失 32000
貸：應收賬款——B公司 187200
納稅調整：根據稅法規定，債務人應按照支付的債務清償額低于債務計稅基礎的差額，確認債務重組所得；債權人應當按照收到的債務清償額低于債權計稅基礎的差額，確認債務重組損失。
B公司的稅務處理分析：債務重組日確認債務重組所得32000元，應計入應納所得額，新準則的規定使得該筆業務的會計和稅法處理沒有區別無須進行納稅調整；A公司無須進行專門的納稅調整。
二、債務重組特殊性稅務處理與會計處理
《關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》規定，企業重組同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：（1）具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；（2）被收購、合并或分立部分的資產或股權比例符合本通知規定達到比例；（3）企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動；（4）重組交易對價中涉及股權支付金額符合本通知規定比例；（5）企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。企業債務重組符合特殊性稅務處理規定條件的，交易各方對其交易中的股權支付部分，可以按以下規定進行特殊性稅務處理：（1）企業債務重組確認的應納稅所得額占該企業當年應納稅所得額50%以上，可以在5個納稅年度的期間內，均勻計入各年度的應納稅所得額。（2）企業發生債權轉股權業務，對債務清償和股權投資兩項業務暫不確認有關債務清償所得或損失，股權投資的計稅基礎以原債權的計稅基礎確定。企業其他相關所得稅事項保持不變。
［例2］A公司欠B公司購貨款700000元。由于A公司財務發生困難。短期內不能支付已于2009年12月1日到期的貨款。2010年2月1日，經雙方協商，B公司同意A公司以其生產的產品償還債務。該產品公允價值為400000元，實際成本為240000元。A公司為增值稅一般納稅人，適用的增值稅稅率為17%.B公司于2010年2月15日收到A公司抵債的產品，并作為庫存商品入庫。
A公司的會計處理：
借：應付賬款 700000
貸：主營業務收入 400000
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 68000
營業外收入——債務重組利得 232000
借：主營業務成本 240000
貸：庫存商品 240000
B公司的會計處理：
借：庫存商品 400000
營業外支出——債務重組損失 300000
貸：應收賬款——B公司 700000
納稅調整：根據稅法規定，企業債務重組同時符合五個條件的，適用特殊性稅務處理。企業債務重組確認的應納稅所得額占該企業當年應納稅所得額50%以上。可以在5個納稅年度的期間內，均勻計人各年度的應納稅所得額。
A公司的稅務處理：A公司計算債務重組利得為232000，因此該重組事項應確認應納稅所得額為392000元（400000-240000+232000）。
假定2010年應納稅所得額為70萬元，因為重組確認的應納稅所得額占2010年應納稅所得額的50%以上，企業可以選擇在5個納稅年度內均勻計入應納稅所得額。即2010年計人應納稅所得額78400元，留待以后年度計入應納稅所得額的為313600元。
以后年度計人的應納稅所得額313600元，雖然不是因資產、負債的賬面價值和計稅基礎不同產生的，但與應納稅暫時性差異具有同樣的作用，即增加未來期間的應納稅所得額，進而增加未來期間的應交所得稅，會計處理上視同應納稅暫時性差異，應確認與其相關的遞延所得稅負債。
借：所得稅費用（313600x25%） 78400
貸：遞延所得稅負債 78400
B公司無須進行專門的納稅調整。
[例3]A公司2010年2月1日將一批材料銷售給B公司，同時收到B公司簽發并承兌的一張面值1600000元、年利率6%、2個月期、到期還本付息的票據。同年4月1日，B公司發生財務困難，無法兌現票據，經雙方協議，A公司同意B公司以其普通股抵償該票據。假設普通股的面值為1元/股，B公司以160000股抵償該債權，股票市價9.6元/股。
B公司會計處理：
借：應付票據 1616000
貸：股本 160000
資本公積——股本溢價 1376000
營業外收入——債務重組利得 80000
A公司會計處理：
借：長期股權投資 1536000
營業外支出——債務重組損失 80000
貸：應收票據 1616000
稅務處理分析：根據稅法規定，如果適用一般性稅務處理，發生債權轉股權的，應當分解為債務清償和股權投資兩項業務，確認有關債務清償所得或損失。B公司應將發行160000股普通股的公允價值1536000元與負債1616000元的差額即80000元計入應納稅所得額；而A公司的債權1616000元與擁有股權的公允價值1536000元之間的差額，即80000~允許在計算應納稅所得額時扣除。因此A、B公司此筆業務均無須進行納稅調整。
如果本例債權轉股權符合債務重組特殊性稅務處理的規定，則根據稅法規定，企業發生債權轉股權業務，對債務清償和股權投資兩項業務暫不確認有關債務清償所得或損失，股權投資的計稅基礎以原債權的計稅基礎確定。企業的其他相關所得稅事項保持不變。由于A公司和B公司在會計上分別確認了債務重組損失和債務重組利得80000元，當適用特殊性稅務重組時，A公司和B公司暫不確認債務重組損失和債務重組利得。
對B公司而言，暫不確認債務重組利得，增加未來期間的應納稅所得額，進而增加未來期間的應交所得稅，會計處理上視同應納稅暫時性差異，應確認與其相關的遞延所得稅負債。
借：所得稅費用 （80000×25%）20000
貸：遞延所得稅負債 20000
對A公司而言，暫不確認債務重組損失，減少未來期間的應納稅所得額，進而減少未來期間的應交所得稅，會計處理上視同可抵扣暫時性差異，應確認與其相關的遞延所得稅資產。
借：遞延所得稅資產 （80000×25%）20000
貸：應交稅費——應交所得稅 20000