1、允許抵扣固定資產進項稅額。修訂前的增值稅條例規定，購進固定資產的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣，即實行生產型增值稅，這樣企業購進機器設備稅負比較重。為減輕企業負擔，修訂后的增值稅條例刪除了有關不得抵扣購進固定資產的進項稅額的規定，允許納稅人抵扣購進固定資產的進項稅額，實現增值稅由生產型向消費型的轉換。

　　2、房屋、建筑物等不動產仍不納入增值稅的抵扣范圍。現行增值稅征稅范圍中的固定資產主要是機器、機械、運輸工具以及其他與生產、經營有關的設備、工具、器具，因此，轉型改革后允許抵扣的固定資產仍然是上述范圍。房屋、建筑物等不動產不能納入增值稅的抵扣范圍。

　　3、明確可以抵扣固定資產的范圍。一是明確除專門用于非應稅項目、免稅項目等的機器設備進項稅額不得抵扣外，包括混用的機器設備在內的其他機器設備進項稅額均可抵扣；二是明確不動產在建工程不允許抵扣進項稅額，并對其概念進行了界定；三是與企業技術更新無關且容易混為個人消費的自用消費品所含的進項稅額，不得予以抵扣，具體明確為應征消費稅的游艇、汽車和摩托車。

　　4、相應取消進口設備免稅政策和外商投資企業購買國產設備增值稅退稅政策。

　　5、降低小規模納稅人的征收率。修訂前的增值稅條例規定，小規模納稅人的征收率為6%。根據條例的規定，經國務院批準，從1998年起已經將小規模納稅人劃分為工業和商業兩類，征收率分別為6%和4%。考慮到增值稅轉型改革后，一般納稅人的增值稅負擔水平總體降低，為了平衡小規模納稅人與一般納稅人之間的稅負水平，促進中小企業的發展和擴大就業，應當降低小規模納稅人的征收率。同時考慮到現實經濟活動中，小規模納稅人混業經營十分普遍，實際征管中難以明確劃分工業和商業小規模納稅人，因此修訂后的增值稅條例對小規模納稅人不再設置工業和商業兩檔征收率，將征收率統一降至3%。

　　6、將一些現行增值稅政策體現到修訂后的條例中。主要是補充了有關農產品和運輸費用扣除率、對增值稅一般納稅人進行資格認定等規定，取消了已不再執行的對來料加工、來料裝配和補償貿易所需進口設備的免稅規定。如：

　　細則第十七條：條例第八條第二款第（三）項所稱買價，包括納稅人購進農產品在農產品收購發票或者銷售發票上注明的價款和按規定繳納的煙葉稅。

　　細則第十八條： 條例第八條第二款第（四）項所稱運輸費用金額，是指運輸費用結算單據上注明的運輸費用（包括鐵路臨管線及鐵路專線運輸費用）、建設基金，不包括裝卸費、保險費等其他雜費。

　　7、將金屬礦和非金屬礦采選產品的增值稅率從13％恢復到17％。主要原因：一是對不可再生的礦產資源適用低稅率，不符合資源節約、環境保護的要求；二是減少了資源開采地的稅收收入，削弱資源開采地提供公共產品的能力；三是礦產資源基本都作為原料使用，礦山企業少交的增值稅因下個環節減少進項稅額而補征回來，政策效果并不明顯；四是導致征納雙方要對這類適用低稅率的貨物與其他貨物劃分，增大征收和納稅成本。

　　8、增值稅小規模納稅人標準和相關規定的調整主要包括兩方面：一是將現行工業和商業小規模納稅人銷售額標準分別從100萬元和180萬元降為50萬元和80萬元；二是將現行年應稅銷售額超過小規模納稅人標準的個人、非企業性單位、不經常發生應稅行為的企業統一按小規模納稅人納稅的規定，調整為年應稅銷售額超過小規模納稅人標準的其他個人（自然人）繼續按小規模納稅人納稅，而非企業性單位和不經常發生應稅行為的企業可以自行選擇是否按小規模納稅人納稅。

　　9、繼續維持對混合銷售行為處理的一般原則，即按照納稅人的主營業務統一征收增值稅或者營業稅。但鑒于銷售自產貨物并同時提供建筑業勞務的混合銷售行為較為特殊，對其采用分別核算、分別征收增值稅和營業稅的辦法。

　　10、根據稅收征管實踐，為了方便納稅人納稅申報，提高納稅服務水平，緩解征收大廳的申報壓力，將納稅申報期限從10日延長至15日。明確了對境外納稅人如何確定扣繳義務人、扣繳義務發生時間、扣繳地點和扣繳期限的規定。