2008年新企業所得稅法的頒布實施，對營造各類企業公平競爭的稅收環境，推進稅制現代化建設，促進國民經濟又好又快發展，意義重大，影響深遠。但同時，我們也應該看到，新稅法的后續政策制定和配套管理上也出現了一些問題，需要我們予以重視并加以解決。
（一）部分重要政策尚未得到明確
例如：新企業所得稅法明確了企業的不征稅收入用于支出所形成的費用或者財產，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。但并沒有同時明確免稅收入或減計收入用于支出所形成的費用或者財產是否也是如此處理。這樣就會造成納稅人用免稅收入或減計收入對應的成本、費用沖銷其應稅收入，變相擴大了免稅收入或減計收入的范圍，實際給予了納稅人雙倍優惠。
（二）個別政策雖已明確但缺乏合理性
根據國家稅務總局《關于企業處置資產所得稅處理問題的通知》（國稅函[2008]828號），企業將資產用于對外捐贈，因資產所有權屬已發生改變而不屬于內部處置資產，應按規定視同銷售確定收入。屬于企業自制的資產，應按企業同類資產同期對外銷售價格確定銷售收入；屬于外購的資產，可按購入時的價格確定銷售收入。
據此，企業以外購商品對外捐贈，由于其視同銷售成本可以扣除，企業不僅不產生任何所得，還增加了業務招待費、廣告費和業務宣傳費這三項費用稅前扣除的計算基數。
（三）部分政策雖已明確但執行上缺乏可操作性
1、政策沒有明確執行起止時間
國家稅務總局在《關于企業政策性搬遷或處置收入有關企業所得稅處理問題的通知》（國稅函[2009]118號）文件中未規定政策的執行日期，由于文件是在2009年3月12日頒布的，對文件究竟是從2008匯算清繳年度執行，還是從2009文件頒布年度執行便產生了認識上的差異，造成各地執行日期上的混亂。
2、配套管理文件未能出臺
根據新企業所得稅法，符合條件的非營利組織取得的非營利性收入為免稅收入。而根據新企業所得稅法實施條例，非營利組織的認定管理辦法應由國務院財政、稅務主管部門會同國務院有關部門制定。但直至現在，這個認定管理辦法還沒有制定和頒布，嚴重影響到非營利性組織享受國家給予的稅收優惠。
3、出臺的配套管理文件表述不夠清晰明確
例如，國家稅務總局關于印發《企業資產損失稅前扣除管理辦法》的通知（國稅發[2009]88號）中明確“單項或批量金額較小”的一個標準是“占企業同類資產10%以下”，但這里講的“同類”指的是大類、小類還是細類，并沒有一個具體的標準。另外，對于“單項或批量金額較大的，需提供外部專業技術鑒定部門的鑒定報告”，這里所說的“外部專業技術鑒定部門”具體是指什么部門，基層主管稅務機關和納稅人在實際操作中感覺很難把握。
4、配套管理文件出臺時間嚴重滯后
2009年4月30日，財政部國家稅務總局出臺了《關于安置殘疾人員就業有關企業所得稅優惠政策問題的通知》（財稅[2009]70號），文件規定企業享受安置殘疾職工工資100%加計扣除應同時具備四個方面條件，其中，條件之一是“定期通過銀行等金融機構向安置的每位殘疾人實際支付了不低于企業所在區縣適用的經省級人民政府批準的最低工資標準的工資。”文件還規定自2008年1月1日起執行。這對事先不知道這一規定，沒有定期通過銀行等金融機構向安置的每位殘疾人支付工資的企業，便會因這一規定而不能享受這一優惠政策。
5、配套管理文件仍不具可操作性
為加強對企業工資薪金和職工福利費的管理，國家稅務總局制定了《關于企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函[2009]3號），明確稅務機關在對工資薪金進行合理性確認時，可按五項原則掌握。但這些規定也是非常原則的。如“企業制訂了較為規范的員工工資薪金制度”，“規范”怎么把握？“企業所制訂的工資薪金制度符合行業及地區水平”，“行業及地區工資薪金標準”怎么取得？“不符合行業及地區水平”怎么認定？這些在實際工作中都很難判斷。
（四）新舊政策銜接過渡中存在的問題
根據國家稅務總局關于印發《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》的通知（國稅發[2009]31號）“企業銷售未完工開發產品取得的收入，應先按預計計稅毛利率分季（或月）計算出預計毛利額，計入當期應納稅所得額。開發產品完工后，企業應及時結算其計稅成本并計算此前銷售收入的實際毛利額，同時將其實際毛利額與其對應的預計毛利額之間的差額，計入當年度企業本項目與其他項目合并計算的應納稅所得額。”由于政策變化，外商房地產企業由“抵減已繳稅額”轉為“抵減應納稅所得額”，在新企業所得稅法將稅率由33%降為25%情況下，企業會多繳8個百分點的稅款。對這部分多繳稅款如何調整，目前尚無具體文件規定。
（五）政策發布解讀中存在的問題
除了前述文件在起草制定上問題外，在文件公布下發過程中，也還存在很多問題。突出表現在“慢、少、多”三個字上。
一是政策發布慢。文件出臺后，總局對外公布時間總是滯后于社會，不能在第一時間向社會公布，使文件發布的權威性、時效性受到很大影響。
二是政策權威解讀少。大部分政策文件沒有進行同步解讀，口頭解釋多于書面解釋，“小道”解釋多于權威解釋，民間解釋多于官方解釋，概括起來就是非正規解釋多于正規解釋。另外，在具體解釋中還存在多頭解釋、個人解釋、不同人員解釋不同等情況。
三是各類社會培訓班和培訓教材多。由于官方正規渠道解讀少，給社會培訓帶來巨大商機。各類社會培訓班四處興起，各類培訓教材層出不窮。有些培訓班，邀請所謂的“專家”，談的都是個人觀點和理解，有的培訓教材東拼西湊，剛出版即已過時。