各級財政管理的政府性基金收入和支出年終相抵后的差額，是財政三項結余的一種。屬于各級財政部門的凈資產。

　　計算方法 基金預算結余應每年結算一次。年終財政部門將基金預算收入、補助收入（基金預算補助）等，與相應的支出；基金預算支出補助支出（基金預算補助）、調出資金等沖銷后，即為當年的基金預算結余。當年預算結余加上上年年末基金預算滾存結余為本年年末基金預算滾存結余。

　　核算方法 財政部1997年6月頒布的《財政總預算會計制度》設置“基金預算結余”科目對基金預算結余進行核算。年終，財政部門將全年的“基金預算收入”、“補助收入--基金預算補助”等科目，貸記“基金預算結余”科目；將全年的“基金預算支出”、“補助支出--基金預算補助”、“調出資金--基金預算”科目的期末借方余額轉入“基本預算結余”科目的借方，即，借方“基金預算結余”科目，貸記“基金預算支出”、“補助支出--基金預算補助”、“調出資金--基金預算”等科目。“基金預算結余”科目的年終貸方余額，反映本年基金預算滾存結余，轉處下年度。該科目應根據基金預算科目所列的基金項目逐一反映各項基金的結余。