購進商品發生短缺，先按實收數入庫，將短缺數和相應的進項稅額一起轉入“待處理財產損溢”賬戶，查明原因后再分別情況進行處理。如系供貨單位少發，要求對方補貨或退款；如系運輸部門或有關經辦人員責任事故，向對方索賠，轉入“其他應收款”賬戶；如系自然損耗，作為商品損耗處理；如系意外事故，作非常損失處理。
例：設上例驗收時發現短缺20千克。
1.承付貨款及運費時，作會計分錄如下：
借：商品采購——食品組 10 000
應交稅金——應交增值稅（進項稅額） 1 750
經營費用——進貨運費450
貸：銀行存款 12 200
2.商品運到，按實收數入賬，原因待查，作會計分錄如下：
借：庫存商品——食品組 13 478.40
待處理財產損溢400.00
貸：商品采購——食品組 10 000.00
商品進銷差價 3 878.40
上項會計分錄有關資料如下：
| 購進價 進項稅 零售價 銷項稅 毛利 |
| 付款數 10000元 1700元 12000元 2040.00元 2000元 短缺數 -400元 -480元 -81.60元 -80元 |
| 合計 9600元 1700元 11520元 1958.40元 1920元 |
庫存商品=11 520+1 958.40=13 478.40（元）
商品進銷差價=1 920+1 958.40=3 878.40（元）
待處理財產損溢=400（元）（借方）
3.經查明上項短缺商品中10千克系供貨單位少發，經聯系由對方補發商品，商品已收到。另10千克系運輸部門責任事故，應由其賠償。
借：庫存商品——食品組 280.80
應交稅金——應交增值稅（進項稅額） 34.00（紅字）
其他應收款——運輸部門 234.00
貸：商品進銷差價 80.80
待處理財產損溢 400.00