為了促進企業連鎖經營的健康、有序發展，規范和加強企業連鎖經營財務管理，財政部印發了《企業連鎖經營有關財務管理問題的暫行規定》，結合《中華人民共和國增值稅暫行條例》和財政部、國家稅務總局《關于連鎖經營企業增值稅納稅地點問題》的通知等規定，現就企業連鎖經營有關增值稅的會計核算簡介如下：
同一地區和城市的連鎖企業，實行“總部―分店”管理模式。總部對分店的商品配送，作為內部移庫處理，統一核算，統一申報繳納增值稅。
舉例：某服裝銷售連鎖企業在同城有3家直銷連鎖分店，是小規模納稅人。1999年1月，3家分店銷售情況，甲店實現銷售收入312000元（含稅）；乙店實現銷售收入208000元（含稅）；丙店實現銷售收入104000元（含稅），由總店計算、申報、繳納增值稅。
銷售額＝（含稅銷售額）/（1＋征收率）＝（312000＋208000＋104000）/（1＋4％）
＝600000（元）
會計分錄：
借：銀行存款 624000元
貸：應交稅金——應交增值稅 24000元
商品銷售收入 600000元
借：應交稅金——應交增值稅 24000元
貸：銀行存款 24000元
跨地區經營的直銷連鎖企業，可在非總部所在地區或城市設置地區總部，實行“總部―地區總部―分店”的管理模式。總部對地區總部的商品配送，作為銷售處理，由總部統一核算，統一向總部所在地主管稅務機關申報、繳納增值稅。
某家電連鎖總店，是增值稅一般納稅人，有跨地區連鎖店2個。1999年1月，總店購進500000元的家電，進項稅金85000元，取得專用發票，已付款。由總店對跨地區連鎖店配送商品，開具專用發票，其中：A店300000元，銷項稅金51000元；B店400000元，銷項稅額68000元。總店統一計算、申報、繳納增值稅。
總店購進家電會計分錄：
借：商品采購 500000元
應交稅金——應交增值稅（進項稅額） 85000元
貸：銀行存款 585000元
總店對跨地區連鎖店配送商品會計分錄：
借：應收賬款——A店 351000元
應收賬款——B店 468000元
貸：應交稅金——應輝鮒鄧埃ㄏ釧岸睿 ？19000元
商品銷售收入 700000元
總店繳納增值稅會計分錄：
借：應交稅金——應交增值稅 34000元
貸：銀行存款 34000元
備注：應交增值稅＝119000－85000＝34000（元），這里需要說明，跨地區經營的直銷連鎖企業，即連鎖店的分店均由總部全資或控股開設，在總部領導下統一經營的連鎖企業，要求采取微機聯網，實行統一采購配送商品，統一核算，統一規范化管理和經營，并經有關國稅機關會同財政部門審批同意，可對總店和分店實行由總店向其所在地主管稅務機關統一申報繳納增值稅。自愿連鎖、特許連鎖，其納稅地點不變，仍由各獨立核算分店分別向所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。