由于具體情況不同，會計核算中心管理軟件的應用模式也不同。一般可分為縣市級“會計核算中心”、鄉鎮“零戶統管”、統發工資及行業/集團集中核算等形式。
縣市省級“會計核算中心”
筆者認為，縣市省級會計核算中心管理軟件的核心思想是，集中資金賬戶、集中會計核算和財務管理，將會計的服務功能和監督功能融為一體。它通過建立核算管理、資金管理、報銷管理等系統，結合財政改革的“收繳分離”、“收支兩條線”和“會計委派”等管理措施，強化預算管理，控制經費支出，逐步實現“部門預算”和“國庫集中收付”；從方法和制度上防止貪污腐敗，減少鋪張浪費，精簡人員編制，提高會計工作的效率和質量，提高會計服務水平，達到從源頭上防微杜漸的目的。同時它還應強調，軟件系統應該幫助應用單位建立起與會計核算中心的運行和內部管理相適應的管理制度和方法，從制度上和操作上充分保證其核心思想的順利實現。
在會計核算中心的“服務功能”方面，應重點解決以下兩個方面的問題：其一是會計核算中心的“會計服務”（包括資金結算、會計核算、財務管理等）的功能是否能夠順利、方便、高效實現；其二是會計核算中心作為政府的服務“窗口”，其服務的效率和質量（包括各單位報賬的等待時間、財務數據的準確性和及時性等）是否比分散式管理有較大的提高。
在會計核算中心的“監督功能”方面，應重點解決以下兩個方面的問題：一是眾多單位集中以后，如何有效地實施“預算控制”和“資金控制”，為今后實施的“部門預算”和“國庫集中收付”奠定良好的基礎；二是會計核算中心的“權力”非常集中，如何加強內部的“監督”和“控制”、降低和減少會計核算中心的內部管理風險（特別是領導的管理風險），防止產生新的問題。
鄉鎮“零戶統管”
“零戶統管”是以提高管理效益為目的，在單位會計主體和財務自主權不變的前提下，取消單位銀行賬戶和會計，由財政或上級單位統一管理會計人員、資金結算和會計核算工作，融會計服務和監督為一體的一種新型的財務管理模式。
這種應用模式，通常是由鄉鎮財政所對所轄區域行政、事業單位取消銀行賬戶，建立內部結算賬戶，將各單位的會計取消，并實施統一會計核算和管理。被統管單位可保留出納，方便對賬、交款和領款。建立“零戶統管”中心以后，村賬鎮管、鎮辦企業管理財務都可以在鄉鎮財政所（或其他會計服務機構）進行。具體的作法是：
“一取消” 即取消單位所有的銀行賬戶，各單位銀行賬戶均為“零”，所有賬戶存款余額一律劃轉到財政專戶。
“兩直達” 即單位收入直達財政專戶，支出從財政專戶直達用款單位。
“三集中” 首先是資金結算集中，單位不再設會計，其現金、轉賬、收支結算業務由出納集中到財政部門辦理；二是會計核算集中；三是會計檔案集中。
“四設立” 首先是設立“總會計”，負責綜合指標分配、調整預算、審批監督；二是設立“資金會計”，在單位存款余額內辦理資金轉賬、匯兌、支配現金等結算業務；三是設立“統管會計”負責辦理編報報表、對賬；四是設立“單位出納”負責單位內部收支，預算外收入進入財政專戶，定期將財務收支憑證交“總會計”審核，與“統管會計”辦理收支憑證結算。
“五建制” 首先是建立綜合財政預算制度；二是建立收支審批制度；三是建立會計憑證審核制度；四是建立現金雙限制度；五是建立票據管理制度。
統發工資
統發工資（也稱代發工資）是財政體制改革中的一種新的工資管理模式。它通過對行政、事業單位人員的工資由銀行發放，實現“工資直達”，達到加強工資及其福利性支出管理、控制行政事業人員的惡性增長、控制和降低行政事業經費支出的目的。該模式的實施一般要求和編制管理部門、勞動人事部門和銀行相聯系，同時還應滿足個人查詢的需要。
行業/集團集中核算
行業應用模式
行業核算中心，是某一個行業采用會計集中核算，建立行業“會計核算中心”，實行“收繳分離”，集中資金、票據和會計檔案管理。它具體的實施與鄉鎮“零戶統管”應用模式基本相同。當然，如果會計核算的工作量較大，也可以采用縣市省級“核算中心”模式。通常，這種模式適用于采用垂直管理的行業。實施行業會計核算中心，對于加強會計核算和預算監督、加強資金管理、提高辦事效率和經濟效益，都將起到積極的作用。
集團應用模式
在采用垂直管理的集團公司（如農場下屬的隊、企業集團下屬的非獨立核算等單位）內部，可以通過會計集中核算實現統一管理分支機構的預算、資金、統計、核算。
實施集團集中核算應用模式有著十分積極的作用。第一，財務集中到位，有效遏制了過去下屬單位大手大腳花錢的習慣，降低了成本和費用支出；第二，集中或委派會計的立場有了根本轉變，有效地抵制了過去下屬單位為維護本單位而損害總公司利益的行為，保障總公司資金籌集、投放、運用、回收與分配等靈活動作；第三，基層會計信息的真實性得到保證、有助于上級領導層的正確決策、引導和整體調控；第四，可以實現統一調配資金，提高資金的使用效率；第五，會計人員的責任感和業務素質得到提高，會計基礎工作得到加強。
