職工醫療保險基金結余的核算主要是做好期末基金的結帳工作。即將職工醫療保險基金的收入和支出分別轉入社會統籌醫療基金、個人帳戶醫療基金和離休人員醫療基金帳戶。職工醫療保險基金的結轉方法有兩種，一是“帳結法”，二是“表結法”。“帳結法”是指每月月末將收支類科目的期末余額（除“待轉收入”科目外），全部轉入三個基金類科目。結轉后，收支類科目月末應無余額。“表結法”是指每月月末收支類科目的余額不需要結轉到三個基金類科目，只有到年度終了時，才用“帳結法”將收支類科目（除“待轉收入”科目外）的全部余額轉入三個基金類科目。
上述兩種結轉方法各有優缺點，采用“帳結法”的優點是編表容易，期末編制“資產負債表”時，直接根據三個基金類科目的期末余額填列。缺點是期末結帳工作量大。采用“表結法”的優點是簡化核算手續，缺點是編表難，期末（1～11月末）填列“資產負債表”所屬基金類項目時，需要根據收支類科目的本期發生額或余額以及年初余額分析計算填列。
