企業實施會計信息化的過程也是一個業務流程進行再造的過程。流程再造使得業務流程中的一些環節被忽略或被整合，交易方式可能發生變化。而內部控制是根據業務流程的各個環節以及交易方式來具體實施的，因此會計信息化不可避免地對企業的內部控制活動產生影響。

　　（一）對授權產生的影響

　　在手工環境下，交易授權通常是依據企業的規章制度進行的，并且可以通過授權記錄來了解交易授權是否合理。而在信息技術環境下的交易授權實現了自動化。交易授權可以被嵌入到計算機程序中，某些交易可能會由程序而不是員工來觸發。交易授權的自動化提高了企業運營的效率，同時也給內部控制提出了新要求。

　　1．系統設計中交易授權的合理性。如果企業的會計信息系統是外購的，那么該系統軟件中設計的交易授權程序有可能與企業的業務流程有些脫節，致使該交易授權存在一定的隱患。

　　2．執行交易授權的計算機程序的正確性和完整性。信息技術環境下交易授權是否可靠完全取決于控制程序的準確性和完整性。一旦計算機程序出現了邏輯錯誤，企業有可能遭受很大的財務損失，因為程序控制的失效只能在出現較大的負面影響時才被察覺。換言之，信息技術環境下的授權加大了交易處理控制的風險。

　　（二）對業務記錄方武產生的影響

　　在手工環境下，企業通常會以文字形式對業務活動發生的全過程進行記載并形成書面材料。這些書面材料使得業務處于可以理解和掌握的狀況中，為內部控制和審計提供了交易軌跡。然而，在信息技術環境下，各項業務記錄被存儲于數據庫和操作日志中，業務記錄的載體由紙質轉變為磁質，紙質的交易軌跡不復存在。這一變化給內部控制帶來了隱患：一是數據的修改難以察覺。二是業務記錄記載方式的改變減弱了交易軌跡的法律效力。換言之，若信息系統的安全性存在漏洞或用戶權限設置不合理，那么交易數據有可能被操作員以外的人修改，因此操作員對交易軌跡負責的法律效力被減弱了。

　　（三）對職責分離產生的影響

　　傳統內部控制通過分離不相容職務來預防和及時發現員工執行職責時所發生的錯誤或舞弊行為。而在信息技術環境下，由于企業的業務流程重組，原來手工環境下一些不相容的職責已經被整合，并且可以由某一程序模塊來執行。企業對信息技術的應用雖然合并了某些職責，但是并沒有削弱職責分離的重要性，反而擴大了職責分離的范圍，加大了計算機舞弊的風險。在信息技術環境下，信息系統的開發設計、實施、維護等活動將被納入企業內部控制的范圍。如果企業管理層觀念的轉變不及時，那么很可能忽視信息系統內部各職務之間以及信息系統開發與使用之間的不相容關系，從而給舞弊行為提供了可乘之機。除此之外，不相容職責的整合也加大了輸入控制風險。

　　（四）對實物控制產生的影響

　　為了防止未授權的員工損壞或盜竊資產，企業需要對資產和記錄的安全進行保護。在手工環境下，企業對資產的安全保護主要通過實物防護措施來進行。如門鎖、保險箱、監視器、電子警報系統等。對記錄的安全保護主要通過職責分離來進行。在信息技術環境下，企業對資產的安全保護沒有發生變化。但是對記錄安全保護的方式發生了變化。企業將分散的交易數據都集中存儲于中央服務器中，并對中央數據庫以及相關的應用程序和計算機硬件實施保護。計算機存儲擴大了實物控制的范圍，它具體包括對記錄文件的訪問控制、對系統及計算機程序的訪問控制以及對儲存介質的安全保護。顯而易見，實物控制范圍的擴大增加了內部控制的風險。除此之外，記錄的集中存儲將會使企業遭受計算機舞弊的風險增加。因為一些擁有特殊技能的人可以通過網絡直接進入中心數據庫竊取或修改交易數據而無需設法進入企業幾個不同的地點。