當前大部分水利事業單位，存在著一方面擔負著具有公共性和社會性的服務，國家給予財政補貼部分水利資金；另一方面，由于財政補助經費的不足，又必須面向市場，通過自身掌握的資源面向市場提供技術服務，通過創收來彌補財政經費不足的特點。這就決定了水利事業單位目前仍是執行事業單位會計制度，仍歸屬于預算會計范疇，其收入、支出必須納入國家預算，并按國家規定編制單位收、支預算，以收定支，量入為出。其會計內部控制制度在理論和實踐上需要通過建立符合事業單位特點的內控機制來達到防止財務風險，保證水利資金準確安全運用，嚴格財經紀律的目的。 

　　一、水利事業單位會計內部控制的現狀

　　（一）內控制度不健全，崗位設置不夠合理。水利事業單位財務部門每一個崗位人員在內部會計控制中都履行相應的控制職責，牽制著他人的財務管理與核算工作。現實是部分單位未按內部會計控制制度要求設置足夠的工作崗位，或者雖按內部會計控制制度設置了相應崗位但不嚴格按崗位安排人員，一人多崗、不相容崗位混崗等現象十分突出。

　　（二）財務人員業務素質與工作要求有較大差距。目前水利事業單位財務工作人員的業務素質與能力參差不齊，有經過國家正規財經學校（院）培養的專業人員，也有從其他崗位其他專業轉至財務部門的非專業人員。各種不同學習、工作經歷背景的人員對內部財務會計控制的理解與執行存在較大差異，導致矛盾重重，會計內部控制的監督控制作用受到限制。

　　（三）監督執行力度不夠。內部審計機構也是會計內部控制制度的一部分，眼下有些水利事業單位沒有按照有關規定設置內部審計機構；有些水利事業單位雖設置內部審計機構但因單位領導不重視或故意加以干涉，使得內部審計機構沒有相應的權利履行其對財務管理和財務核算的監督職能，或者履行職責困難重重達不到監督效果。水利事業單位的外部監督機構包括國家財政、審計等部門，這些部門在執行監督職責時以單位資金使用及其效益為重點，很少涉及單位會計內部控制制度的設立及執行，即使涉及也是泛泛評價，不針對水利事業單位具體情況提出切實可行的整改建議。在查出問題時，往往偏重于對單位予以處罰而忽視對單位領導、相關責任人處罰；更為嚴重的是，有時對查出的問題以“大事化小、小事化了”的原則予以處理，助長了事業單位違反內部會計控制制度的不良風氣。

　　二、完善水利事業單位會計內部控制的對策

　　（一）加強財務會計人員控制責任意識。水利事業單位的財務主管部門，要把財務管理和會計核算管理作為一項中心工作，精心組織，周密安排，切實抓緊，抓出成效，將會計內部控制落到實處。落實會計內部控制，要注重財務人員責任意識的灌輸與培訓，培訓過程中，既要注重向財會人員宣傳培訓，更重要的是單位負責人控制思想意識的引導。還要注重向單位負責人宣傳培訓，通過全方位，大規模的宣傳引導培訓，營造出一種誠實守信、各司其責、相互監督、有條不紊的內部會計控制工作氛圍。

　　（二）健全和完善會計內部控制制度。在控制制度形成過程，制度設計和貫徹實施等方面進行諸多創新，在制度起草堅持實行科學民主決策，確保制度的科學性；在制度設計堅持推行科學化、精細化管理，確保制度的有用性；在制度實施堅持建立科學監管機制，確保制度的有效性。

　　（三）強化預算管理。水利事業單位使用資金為財政資金，也就是說，單位收支的依據是經過批準的預算，預算規定了單位支出方向和支出規模水平，所以預算是會計內部控制不可缺少的手段。單位預算必須形成一套嚴格的程序和系統，主要表現在預算編制、上報、批準、執行、分析、考核等各個環節環環相扣。為提高預算管理水平，一是完善單位預算的調整制度，從調整時間、方法、程序等作出相應的規定；二是推行單位預算和下屬各級非獨立核算單位預算，要求下屬各級非獨立核算的事業單位編制預算，克服預算內容不實、預算約束不強和預算執行不了的情況；三是建立預算的跟蹤、分析和評價制度，完善預算控制制度，確保資金的正確使用及使用的效益。

　　（四）加大審計監督力度，加強內部審計監督檢查。首先，水利事業單位要認識內部審計機構的性質與重要性，強化其權威性和獨立性。內部審計機構工作人員要不斷提高自身政治素質與業務素質、加強法制觀念、增強服務意識，克服困難與阻礙，對包括會計內部控制制度在內的內部控制制度進行評價，定期或不定期檢查控制制度的執行情況，對控制制度缺陷及執行偏差提出合理有效的糾正補救措施，跟蹤糾正補救措施的落實情況。通過內部審計的監督檢查跟蹤，促進單位不斷改進與完善內部控制制度，正確行使政府給予的職責或提供社會公益服務。強化單位外部相關部門的審計監督檢查。各級外部相關部門如財政部門、審計機關等要充分發揮對事業單位的監督檢查職能，督促水利事業單位建立健全內部控制制度，定期或不定期對單位履行政府職責或提供社會公益服務的經濟業務活動全部或部分進行審計檢查，分析審計檢查中發現的問題，幫助事業單位改進與完善內部控制制度。外部相關部門也可委托社會中介機構代為其履行對單位的審計監督職能。

　　總之，在當前新形式下，水利事業單位要不斷建立健全內部控制，特別是內部會計控制， 保證單位會計工作有序進行，為單位更好的履行政府職能、農林灌溉及時到位等等提供社會公益服務而進行的經濟業務活動提供良好的基礎保障。