世貿組織的許多協議中均設有例外條款，各締約方可以靈活運用這些條款，實行對本國有利的貿易政策和措施。

　　目前，發達國家使用次數較多，主要的例外條款有以下幾項：

　　保障條款當一國某產品進口大量增加，對國內生產同類或直接競爭產品的產業造成嚴重沖擊或損害威脅，例如發生開工不足、工人失業和利潤率大幅下降等情況，該國可以實行臨時性進口限制措施。進口“激增”可以是絕對量增長，也可是相對增長，即進口在不斷縮小的市場中份額相對增加。保障條款的使用，從原則上講不能針對某一特定國家的進口產品，實施保護的期限最長不超過4年。同時該行業必須進行結構調整，保護期可因此延至8年。最近，日本曾引用特別保障條款，對稻米進口實行配額制。

　　國際收支平衡例外。當一國遇到國際收支極度不平衡時，可以對進口實行限制。發展中國家在使用此例外條款時條件相對寬松，允許發展中國家為發展經濟和維持金融地位而保持足夠的外匯儲備，但申請須經世貿組織工作組審查，并聽取IMF的權威意見。

　　幼稚工業保護例外對本國新興的、尚不具備競爭能力的工業，政府可以實行進口限制、提高關稅、實行許可證、征收臨時附加稅等辦法予以保護。

　　關稅同盟和自由貿易區例外即關稅同盟和自由貿易區成員間的貿易優惠可以不給予非成員國。如歐洲和北美自由貿易區等。

　　此外，還有安全例外和對發展中國家的特殊優惠待遇。如發展中國家給予發達國家的關稅減讓程度可以低于發達國家所提供的減讓水平；允許發展中國家政府提供一定的出口補貼等。