保護和治理環境、遏制環境惡化，實現社會和經濟可持續發展戰略，是一項龐大而又復雜的系統工程，環境審計在這個系統工程中占有重要地位。不同審計主體實施的環境審計構成不同層次環境管理系統的組成部分。因此，環境審計需要國家審計機關、內部審計機構和社會審計組織全方位、分層次地審查和評價被審單位環境保護法規和政策的執行情況，環境保護和治理情況及取得的績效等，從而增強審計組織體系在解決環境問題中的整體功能。各審計主體實施環境審計時，應根據審計的目的和內容以及自身的情況選擇審計模式。 

    (一)以財務為導向的審計模式 

    以財務為導向的審計模式是以被審單位環境財務報告反映的結果為線索，追蹤到經濟活動過程和導致結果的原因，進而對環境保護的合規性和績效性進行評價的一種模式。環境審計是對與環境問題有關的經濟活動進行的審計，而不能涵蓋環境的所有的問題。而經濟活動進行的結果最終都要在財務資料中得到反映。這就為實施以財務導向的環境審計提供了可能。審計人員利用環境財務報告等資料，既可以對與環境有關的經濟活動的財務狀況的真實性、合法性和合理性作出評價，又可以從不同側面對被審單位的環境績效作進一步剖析、比較和評價。在環境財務報告真實性、合法性和合理性的基礎上開展環境績效評價，既能滿足企業內部管理當局需要，又能滿足企業外部經濟關系人的需要，而且有利于節約審計成本，提高審計工作效率。 

    財務導向的環境審計方式，可以采用：(1)獨立審計，即由審計組織現有專職人員實施環境審計；（2)專題審計，即審計組織對某一內容進行專題性的審計；(3)審計調查，即審計組織對影響環境的一些重大問題和典型問題進行審計調查活動。審計人員通過調查，廣泛收集證據，進行綜合分析，及時提供有關資料和建議，為政府和有關部門或有關單位服務。此外，也還可以采用其他的審計方式。 

    財務導向的環境審計方法有審閱法、驗證法、復算法、觀察法、分析法等。實際審計操作時，往往把這些方法綜合在一起加以運用，有選擇地針對具體審計目標和要求，運用各種方法多層次、多角度地對財務報告進行重新加工、比較、分析和評價。 

    從財務人手開展環境審計，可以對環境績效作出一般性的評價。而要全面地、客觀地評價環境保護和治理的績效，則需要等到環境成本、環境負債和環境效益能夠計量并能在會計資料上全面反映，要做到這一點，還需要一個相當長的時間。因此，以財務為導向的環境審計模式，目前主要用于環境審計中涉及屬于財務方面的內容。當環境成本“內在化”和“環境會計成本核算”建立之后，這時以財務為導向的環境審計就會上升到一個新的高度。 

    (二)以問題為導向的審計校式 

    以問題為導向的環境審計模式是以被審單位暴露的突出問題為線索，進行追蹤分析，攏出問題的形成原因，指出被審單位在環境保護和環境治理方面的薄弱環節，進而提出有針對性整改措施的一種審計模式。它通常適用于被審單位在環境方面發生重大事故和已暴露出的突出問題 (如決策失誤、嚴重污染或損失浪費自然資源等)。 

    審計人員可以從現存問題人手，進行調查取證，從大間題追到小問題，從表面問題追到潛在問題，從外部問題追到內部問題。并按問題輕重主次排列分析，通過外因找到內因，透過偶然因素我到必然因素，找出問題的主要方面，并與具體部門人員和其活動聯系起來，明確問題的性質和經濟責任。針對這些引發問題的因素，可以進一步提出消滅隱患、加強控制、改善管理、提高素質的措施。如廢棄物排放造成環境污染已成為我國當前一個突出問題，而造成環境污染的最大根源在企業。企業污染環境，一方面影響企業在社會公眾中的良好形象，會使產品銷售長期受到不利影響，而且企業也會因此迫受罰款和發生更多的治理污染支出，給自己造成經濟損失；另一方面會影響到其他企業、行業的正常生產經營活動和人民的身心健康，給他們帶來經濟損失；同時，國家為改善環境而必然在環境治理方面投入更多的資金，從而給國家帶來經濟損失。因此，對企業因污染環境而造成的經濟損失進行審計:審查企業污染環境的狀況和程度；分析企業污染環境所帶來的危害;我出引起污染的原因及因素；計算給被審企業、其他企業、人民和國家帶來的經濟損失。 

    以問題為導向的審計模式，由于涉及的問題多、影響因素多、專業性和技術性強，因此采用獨立審計方式往往難以達到審計目的和完成審計任務，而應采用審計調查和聯合審計的方式。聯合審計是在審計組織統一領導下，組織有關部門的專業人員進行環境審計。審計組織可以根據審計項目的需要，采取與環境專家和法學專家聯合審計的方式，以充分利用他們的專業知識和技能，對被審單位保護和治理環境的績效進行深入的審查。 

    (三)以項目為導向的審計模式 

    以項目為導向的審計模式是以被審單位涉及環境問題的重大業務為線索，對業務實施過程和結果進行檢查分析，判斷業務活動進行是否正常、是否收到預期效果，進而找出導致業務活動發生偏向的因素，提出改進措施的一種審計模式。 

    所謂重大業務，是指被審單位對環境有重大影響的活動。如環境規劃、重大決策、新建改造項目的實施等等。通過對重大業務活動的追蹤審計，能夠捕捉被審單位在環境保護和治理方面的薄弱環節，追查形成問題的原因，提出改進的措施。 

    人類環境保護的實踐證明，環境問題一旦發生后再進行治理，須補償的代價將相當昂貴。有的不但涉及到內補償，而且也關系到代際補償；有的環境污染和破壞問題出現后，即使經濟上付出更大的代價，也往往難以清除和恢復。因此，預防環境污染和破壞比事后補償更重要。由此可見，環境審計不能僅僅停留于事后審計，而應對影響環境的主要經濟活動的全過程進行審計，以保證決策正確，規劃可行，及時發現經濟活動對環境的影響，采取保護環境的措施，最大限度地降低經濟活動對環境質量的不利影響。如對某些重要建設項目，事前應分析該項目對環境的影響及其程度，審查防治污染的處理工藝流程、預期效果，以及資源開發引起的生態變化所采取的防范措施、綠化設計、環境保護投資概算；車中審查施工現場周圍的環境保護、建設項目設計中的環境保護措施的落實等情況；事后審查施工過程中受到破壞的環境是否修整和復原，防治污染設施的運轉和使用情況，治理效果和達標情況等。 

    以項目為導向的審計模式，可以根據需要采用以上審計方式。至于在審計的方法上，除要運用財務審計和績效審計工作中使用的審閱、驗證、紅算、觀察、詢問、分析等基本方法外，還必須運用一些專業性的技術方法，才能更好地實施環境審計。在項目為導向的環境審計中需運用的專業性技術方法主要有：(1)環境費用效益分析法，這是用于分析評價解決環境問題的費用和效益的一種方法。這種方法主要用于擬建項目或已建項目對環境質量的影響進行分析。運用這種方法的關鍵問題，是如何計算環境改善所帶來的效益以及環境污染、破壞所帶來的損失。常用的價值評估方法有：市場價值法、機會成本法、恢復的防護費用法、替代工程法、調查評估法等。環境費用效益分析評價指標有兩個：一是效益費用比率，二是凈效益；（2)環境費用效果分析法，這是在環境費用效益分析基礎上產生的一種新的分析方法。它主要有兩個用途:一是為達到某一確定的環境目標，選擇費用最低的方案；二是在投資一定的情況下，應選擇能最大限度改善環境質量的方案。(3)環境決策分析法，是在一組可行的環境規劃方案中選擇最佳方案，并對這種方案作出解釋和證明。這種方法主要用于環境規劃績效審計。(4)風險分析法，是通過分析，預測各種不同確定因素的變化對經濟指標和環境效益的杉咱，找出敏感因素，并確定其影響程度；根據各種因東發生的概率來計算評價風險對未來經濟活動、環境效益的影響。