隨著我國單位體制改革的深入，原有的科學事業單位大部分轉制為科技企業，另一小部分也已并入高校或者成為從事技術服務項目的中介機構。對于大部分轉制為科技企業的原科學事業單位來說，要由執行《科學事業單位會計制度》轉而實行《企業會計制度》。《科學事業單位會計制度》規定，科學事業單位的凈資產一般包括固定基金、事業基金、專用基金、撥入專款結存、財政補助結存、未分配結余六項內容，下面就轉制過程中這六項凈資產的確認和處理分別做出說明。

　　1.固定基金。科學事業單位固定基金的核算存在以下問題：首先，按照會計制度的規定，科學事業單位購入固定資產時需要做兩個分錄，借記“事業支出”、“經營支出”或其他成本費用類科目，貸記“銀行存款”科目；同時，借記“固定資產”科目，貸記“固定基金”科目。這樣，從一開始就虛增了凈資產。其次，科學事業單位的固定資產不提折舊，賬面上的“固定資產”科目一直反映的是固定資產原值。再次，按照原來的制度，科學事業單位的固定資產包括兩類：一是單位價值在500元以上的一般設備，二是價值在800元以上、使用期限在一年以上并在使用過程中基本保持原有物質形態的專用設備。而《企業會計制度》規定，“不屬于生產經營主要設備的物品，單位價值在2000元以上，并且使用期限超過2年的”列為固定資產。對于科學事業單位的一般設備和專用設備來說，絕大多數應用于試驗和檢測，不屬于生產經營用的主要設備，所以科學事業單位的許多儀器設備是不符合轉制后的企業固定資產標準的。

　　以上三種情況都造成了科學事業單位凈資產的虛增，所以應區分不同情況加以處理：對固定資產進行徹底清查，報廢、毀損和盤虧的固定資產應經批準后按原值同時沖減“固定資產”科目和“固定基金”科目，而后對其余尚且完好的固定資產進行評估。其中，對于不符合企業固定資產標準的，應按評估確認的凈值借記“低值易耗品”科目，貸記“事業基金-一般基金”科目，同時按原值沖減“固定資產”科目和“固定基金”科目；對于符合企業固定資產標準的，可以沿用固定資產舊賬，將原值與評估確認的凈值之間的差額從“固定基金”科目轉入“累計折舊”科目，這樣，“固定基金”科目反映的就是固定資產凈值。

　　2.事業基金。指科學事業單位擁有的非限定用途的凈資產，既包括滾存結余資金形成的一般基金，也包括對外投資形成的投資基金。科學事業單位轉制時一般要進行清產核資工作，根據清產核資的結果對“事業基金”賬面價值進行調整。例如：發生的待處理財產凈損失要沖減“事業基金-一般基金”科目，發生的待處理財產凈收益要調增“事業基金-一般基金”科目；資產評估減值要沖減“事業基金-一般基金”科目，資產評估增值要增加“事業基金-一般基金”科目。調整后的“事業基金”科目余額反映本單位的實際滾存結余資金。

　　3.專用基金。指科學事業單位按規定提取或設置的具有專門用途的資金，主要包括修購基金、職工福利基金、醫療基金、住房基金、科技成果轉化基金。其中：修購基金和科技成果轉化基金是分別用于固定資產購置、維修與科技成果后續開發、應用、推廣的專項資金，性質上屬于擴大資產規模的企業發展資金；而住房基金按規定用于職工住宅的購建支出，在《企業會計制度》中屬“盈余公積-法定公益金”的核算內容。所以，以上三種基金都應確認為轉制后科技企業的凈資產。職工福利基金和醫療基金主要用于集體福利和公費醫療開支，在《企業會計制度》中用“應付福利費”科目核算，所以不應計入轉制后科技企業的凈資產中。

　　4.撥入專款結存。指科學事業單位取得的撥入專款中由于項目未完成需結轉下年繼續使用的結存資金。按照《企業會計制度》的規定，接受國家撥入的具有專門用途的撥款（如專項用于技術改造、技術研究的撥款）應在“專項應付款”中反映，并應根據撥入專款種類設置明細賬，進行明細核算，因此撥入專款結存不應計入轉制后科技企業的凈資產中。

　　5.財政補助結存。指科學事業單位從財政部門或主管部門取得的需結轉下年繼續使用的財政資金結余，根據《企業會計制度》其應在“補貼收入”中核算，因此也不應計入轉制后科技企業的凈資產中。

　　6.未分配結余。指科學事業單位收支結余減去按規定已經分配的結余后的余額，性質上相當于《企業會計制度》中的“未分配利潤”。一般來說，科學事業單位的結余按規定提取職工福利基金后，剩余部分轉作事業基金，期末賬面無余額。如有余額，應確認為轉制后科技企業的凈資產。

　　科學事業單位轉制后應作為企業法人在工商管理部門進行注冊登記，有人認為可以將轉制前一年度會計決算報表中的凈資產額作為注冊資本，這種辦法雖然簡便，但是因為科學事業單位的凈資產與企業中所有者權益的核算內容有很大差異，所以這樣做有失偏頗。筆者認為應以轉制前的凈資產賬面價值為基礎，依據清產核資后的結果，按照上述原則進行調整，減去不良資產和應計提折舊等，以增減后的凈資產額報財政部門和國有資產管理部門批準后，作為轉制后科技企業的注冊資本，這樣才能反映單位的實際資產狀況。