出口加工區（以下簡稱“加工區”）是指經國務院批準，由海關監管的特殊封閉區域。加工區必須設立符合海關監管要求及隔離設施和有效的監控系統；海關在加工區內設定專門的監管機構，并依照《中華人民共和國海關對出口加工區監管的暫行辦法》對進、出加工區的貨物及區內相關場所實行24小時監管制度。

　　一、加工區與保稅區的區別

　　加工區入境貨物的減免稅收政策基本是參照保稅區現有政策制定，沒有新的優惠。但有以下幾個方面的區別：

　　（1）在功能上，加工區的功能單一，僅取于產品外銷的加工貿易，但區內可設立少量為加工企業生產提供服務的倉儲企業以及經海關核準專門從事加工區內貨物進出的運輸企業；

　　（2）國內原材料、物料等進入加工區視同出口，海關按照對出口貨物的有關規定辦理報關手續，并簽發出口退稅報關單。區外企業憑報關單（出口退稅聯）及有關憑證向稅務部門辦理出口退（免）稅手續；

　　（3）對加工區運往區外的貨物，海關按照對進口貨物的有關規定辦理報關手續，并按制成品征稅；

　　（4）國家對區內加工出口的產品和應稅勞務免征增值稅、消費稅。

　　二、運進運出加工區的手續

　　對出口加工區運往區外的貨物，海關按照對出口貨物的有關規定辦理報關手續，并按照制成品征稅；對出口加工區外企業（以下簡稱“區外企業”，下同）運入出口加工區的貨物視同出口，由海關辦理出口報關手續。

　　三、加工區退（免）稅管理規定

　　（1）對區外企業銷售給出口加工區內企業（以下簡稱“區內企業”，下同）并運入出口加工區供區內企業使用的國產設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料以及建造基礎設備、加工企業和行政管理部門生產、辦公用房所需合理數量的基建物資，區外企業憑海關出具的出口貨物報關單（出口退稅聯）、增值稅專用發票（或普通發票）、稅收（出口貨物）專用繳款書、外匯收匯核銷單等憑證，向主管其出口退稅的稅務機關申報辦理退（免）稅。對區內企業建造基礎設施以及區內加工企業和行政管理部門生產、辦公用戶所需合理數量的基建物資，區外企業和區內有關企業及行政管理部門應建立專門賬冊，以備退稅機關審查。

　　（2）對區外企業銷售給區內企業、行政管理部門并運入出口加工區供其使用的生產消費用品、交通運輸工具等，不予辦理退（免）稅。

　　（3）對區外企業銷售給區內企業、行政管理部門并轉入出口加工區供其使用的進口機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料、基建物資等，不予退還其已繳納的進口環節增值稅、消費稅。

　　（4）對具有進出口經營權的內資企業及實行“免、抵、退”或“先征后退”稅收管理辦法的外商投資企業銷售并運入出口加工區的上述第（1）條所述貨物，按照現行出口貨物退（免）稅管理辦法的規定辦理退（免）稅；對實行免稅管理辦法的外商投資企業銷售并運入出口加工區的上述第（1）條所述貨物，在2000年底前仍實行免稅政策。

　　（5）對區外企業銷售并運入出口加工區的貨物，一律開具出口銷售發票，不得開具增值稅專用發票或普通發票。

　　對銷售給區外企業用于銷售并運入出口加工區的貨物，準予按照《財政部、國家稅務總局關于出口貨物恢復使用增值稅稅收專用繳款書管理的通知》的規定，開具稅收（出口貨物）專用繳款書。

　　（6）對區外企業銷售給區內企業并運入出口加工區供區內企業使用的國產設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料以及建造基礎設施、加工企業和行政管理部門生產、辦公用房所需合理數量的基建物資，海關予以出具出口貨物報關單（出口退稅專用聯），并在報關單“運抵國別”欄中列明“出口加工區”。

　　對上述貨物，海關應按現行有關規定對其報關單信息予以錄入、傳輸，以便退稅機關辦理退稅時對審海關電子信息。

　　（7）對區內企業在區內加工、生產的貨物和應稅勞務，免征增值稅、消費稅。

　　（8）對出口加工區與境外之間進、出的貨物，海關實行進、出境貨物備案清單管理辦法。

　　對區內企業出口到境外的貨物，不予辦理退稅。

　　（9）區內企業不得委托區外企業進行產品加工。對區內企業以委托或作價加工方式向區外企業提供原材料、零部件加工成成品后、由區外企業銷售并運入區內的貨物，區外企業不得申報辦理退（免）稅。

　　（10）對違反有關規定，采取弄虛作假等手段騙取退（免）稅的，按《中華人民共和國稅收征收管理法》、《中華人民共和國海關法》等有關規定予以處罰。

　　四、設立出口加工區的審批標準和程序

　　（1）設立出口加工區的審批標準。

　　①出口加工區原則上設在經國務院批準的國家級開發區內，同一開發區內只能設立1個出口加工區。

　　②出口加工區要堅持以出口為導向，申請設立出口加工區的國家級開發區。加工貿易年進出口總值一般應達到1億美元以上。

　　③加工貿易年進出口總值低于10億美元的省(自治區、直轄市)，原則上只設立1個出口加工區。

　　④加工貿易年進出口總位超過10億美元的省(自治區、直轄市)，雖已設有出口加工區，根據加工貿易發展的需要，可經批準增設出口加工區。

　　⑤東部各省(直轄市)的出口加工區封關運作后加工貿易年進出口總值達到或超過5000萬美元的；中部各省出口加工區封關運作后加工貿易年進出口總值達到或超過2000萬美元的；西部各省(自治區、直轄市)出口加工區封關運作后加工貿易年進出口總值達到或超過1000萬美元的，方可申請在該省(自治區、直轄市)增設出口加工區或擴大原有出口加工區的面積。

　　⑥出口加工區如申請擴大面積，須區內已擺滿項目、基礎設施及配套建設發展用地己得到充分利用，且擴大的面積不超過3平方公里。

　　⑦出口加工區須自批準之日起2年內建設完畢并申請驗收。如1年內未啟動建設，由海關總署商有關部門書面提請有關省(自治區、直轄市)予以注意、之后1年內仍未有進展的，由海關總署會同有關部門報請國務院予以撤銷。

　　⑧出口加工區封關運作后3年內仍無投資項目，或雖有投資項目，但加工貿易年進出口總值低于100萬美元的，由海關總署會同有關部門書面提請有關省(自治區、直轄市)予以注意。之后1年仍達不到要求的，由海關總署會同有關部門報請國務院予以撒銷。

　　（2）設立出口加工區的審批程序。

　　①設立出口加工區或已設立的出口加工區擴大面積，須符合所在城市土地利用總體規劃，由省(自治區、直轄市)人民政府請示國務院，抄送國務院有關部門。

　　②請示文件要說明：設立出口加工區的必要性和可行性，外向型經濟發展、加工貿易發展及基礎設施情況，設立出口加工區或擴大面積后是否有項目進入，所選址區域是否符合土地利用總體規劃、各類用地總量及構情況、工業用地效益情況等。同時還要附設立出口加工區或擴大面積的規劃方案及選址(附圖)、面積與四至范圍以及做好設立出口加工區或擴區工作的承諾。

　　③省(自治區、直轄市)人民政府報國務院設立出口加工區的請示，由海關總署會同發展改革委、財政部、國土資源部、商務部、稅務總局、工商總局、質檢總局、外匯局等部門研究提出意見，會簽后報國務院審批。

　　④國務院審批同意后，由海關總署通知并指導有關省(自治區、直轄市)建立出口加工區的隔離設施和管理機構。出口加工區經海關總署會同有關部門驗收合格后正式運作。