按照稅法規定，企業代收的款項要分別按照規定繳納增值稅、消費稅或營業稅，支付的與取得收入無關的費用不準許在企業所得稅前扣除，但企業代收和繳納的財政性資費則另有規定。目前企業有以下三方面的代收基金和費用，其相應的稅務處理各不相同。

　　企業代收的政府性基金和行政事業性收費的稅務處理

　　第一，在《增值稅暫行條例實施細則》第十二條、《消費稅暫行條例實施細則》第十四條以及《營業稅暫行條例實施細則》第十三條中都明確規定，納稅人同時符合以下條件代為收取的政府性基金或者行政事業性收費不屬于價外費用，不記入銷售（營業）收入總額中計征增值稅、消費稅或營業稅。它們是：由國務院或者財政部批準設立的政府性基金，由國務院或者省級人民政府及其財政、價格主管部門批準設立的行政事業性收費；收取時開具省級以上財政部門印制的財政票據；所收款項全額上繳財政。同時，《企業所得稅法》第七條和《企業所得稅法實施條例》第二十六條規定，企業依照法律法規等有關規定，按照國務院規定程序批準，在實施社會公共管理，以及在向公民、法人或者其他組織提供特定公共服務過程中，向特定對象收取并納入財政管理的行政事業性收費以及依照法律、行政法規等有關規定，代政府收取的具有專項用途的政府性基金，不征收企業所得稅。如自來水公司代收的水污染處理費、水泥廠代收的散裝水泥基金等等。

　　也就是說，如果企業在收取銷售（營業）款時，代為收取的政府性基金或者行政事業性收費不是上述規定的，就應該并入銷售（營業）額征收增值稅、消費稅或者營業稅。如在鐵路運費發票上注明的基金（1）、基金（2）等。

　　《企業所得稅法》第七條和《企業所得稅法實施條例》第二十六條規定，企業依照法律法規等有關規定，按照國務院規定程序批準，在實施社會公共管理，以及在向公民、法人或者其他組織提供特定公共服務過程中，向特定對象收取并納入財政管理的行政事業性收費以及依照法律、行政法規等有關規定，代政府收取的具有專項用途的政府性基金不征收企業所得稅。

　　第二，根據《財政部、國家稅務總局關于財政性資金行政事業性收費政府性基金有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2008〕151號）規定，企業依照法律、法規及國務院有關規定收取并上繳財政的政府性基金和行政事業性收費，準予作為不征稅收入計入收入總額，于上繳財政的當年在計算應納稅所得額時從收入總額中減除；未上繳財政的部分，不得從收入總額中減除。因此，企業要及時將代收的各種政府性基金和行政事業性收費上繳財政部門，以減少核算中的麻煩和多繳納企業所得稅的風險。如代收的城市垃圾處理費、市政公用設施有償使用費、河套治理費等。

　　繳納的政府性基金和行政事業性收費的稅務處理

　　根據財稅〔2008〕151號文件規定，企業按照規定繳納的、由國務院或財政部批準設立的政府性基金以及由國務院和省、自治區、直轄市人民政府及其財政、價格主管部門批準設立的行政事業性收費，準予在計算應納稅所得額時扣除。除此之外，企業繳納的其他不符合上述審批管理權限設立的基金、收費，不得在計算應納稅所得額時扣除。

　　收到的財政性補貼資金的稅務處理

　　第一，根據《企業所得稅法》第七條和《企業所得稅法實施條例》第二十六條規定，企業取得各級人民政府對納入預算管理的事業單位、社會團體等組織撥付的財政資金，以及取得由國務院財政、稅務主管部門規定專項用途并經國務院批準的財政性資金為不征收企業所得稅的收入。如貸款貼息、先征后退的增值稅退稅款等。但國務院和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。

　　第二，根據財稅〔2008〕151號規定，企業取得符合以下條件的財政性資金準予作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：

    1.企業取得的由國務院財政、稅務主管部門規定專項用途并經國務院批準的財政性資金。

    2.納入預算管理的事業單位、社會團體等組織按照核定的預算和經費報領關系收到的由財政部門或上級單位撥入的財政補助收入。但國務院和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。

　　總之納稅人需要注意以下三點：

    1.企業取得的財政性資金，是指企業取得的來源于政府及其有關部門的財政補助、補貼、貸款貼息，以及其他各類財政專項資金，包括直接減免的增值稅和即征即退、先征后退、先征后返的各種稅收，但不包括企業按規定取得的出口退稅款。

　　2.企業取得的不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；企業的不征稅收入用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。

　　3.企業取得的各類財政性資金，均應先計入企業當年收入總額，然后按照企業所得稅的計算程序，依照上述規定在計算應納稅所得額時從收入總額中減除。但國家以投資者身份投入企業、并按有關規定相應增加企業實收資本（股本）的直接投資以及投入的資金在使用后要求歸還本金的除外。