“兩稅”合一前，有關部門就先后出臺過不同文件分別對內、外資企業搬遷補償費收入的稅務處理進行規范。“兩稅”合一后，國家稅務總局又出臺了《關于企業政策性搬遷或處置收入有關企業所得稅處理問題的通知》（國稅函[2009]118號），對新稅法下企業政策性搬遷的所得稅政策作了明確。該文件適用范圍只適用于企業的政策性搬遷，即企業因政府城市規劃、基礎設施建設等政策性原因，在政府主導下進行的整體搬遷。這里我們要注意該文件與《財政部關于印發企業會計準則解釋第3號的通知》（財會[2009]8號）文中因公共利益搬遷而收到政府從財政預算直接撥付的搬遷補償款會計處理的差異。

　　（一）根據國稅函[2009]118號文，政策性搬遷或處置收入包括按規定標準從政府取得的搬遷補償收入或處置相關資產而取得的收入，以及通過市場取得的土地使用權轉讓收入。

　　而財會[2009]8號文作為專項應付款核算的搬遷款只包括政府從財政預算直接撥付的搬遷補償款，國稅函[2009]118號文中的處置相關資產收入則應根據處置資產的不同適用相應的具體會計準則，除處置以公允價值模式計量的投資性房地產收入計入“其他業務收入”外，處置固定資產、土地使用權等產生的損益應分別作為處置非流動資產利得或損失計入“營業外收入”或“營業外支出”。

　　（二）根據國稅函[2009]118號文，企業根據搬遷規劃，異地重建后恢復原有或轉換新的生產經營業務，計入企業應納稅所得額的搬遷補償款，是扣除了固定資產重置或改良支出、技術改造支出和職工安置支出后的余額。

　　而根據財會[2009]8號文，企業在搬遷和重建過程中發生的固定資產和無形資產損失、有關費用性支出、停工損失及搬遷后擬新建資產進行補償的，應自專項應付款轉入遞延收益，然后再分別與收益相關或與資產相關的補償款作不同的處理：與收益相關的補償款，相關損失或費用應于實際發生時由“遞延收益”轉入“營業外收入”，與資產相關的，自相關資產可供使用時起，在按孰早原則確定的其使用壽命結束或被處置時止的期限內，將遞延收益平均分配轉入“營業外收入”計入當期損益。也就是說，無論遞延收益于何時轉入“營業外收入”，相應的補償款都是應全額確認為收益，而不能扣除有關資產購置價值或有關損失、費用，這主要是為了真實、完整地反映政府補助的相關信息。

　　（三）搬遷后重置固定資產的計稅依據。根據國稅函[2009]118號文第二條第三款，企業利用政策性搬遷或處置收入購置或改良的固定資產，可以按照現行稅收規定計算折舊或攤銷，并在企業所得稅稅前扣除。由于重置固定資產價值已經從搬遷收入中減除，因此有觀點認為，重置固定資產的計稅依據不包括已經在搬遷收入中扣除部分，否則會產生該資產在稅前重復扣除的問題。

　　這個觀點其實并不正確，從搬遷收入中扣除重置固定資產價值等，是對 “搬遷或處置收入” 應計入應納稅所得額的確認，這與重置固定資產的計稅依據并無關系，因此，重置固定資產的計稅依據應該是其重置價值，也就是說利用政策性搬遷或處置收入購置或改良的固定資產的賬面價值與計稅基礎是一致的。而由于會計上重置固定資產的支出并不計入當期損益，因此這部分也將產生會計與稅法的永久性差異。

　　（四）搬遷補償款稅法上計入應納稅所得與會計上計入損益的時間差異。根據國稅函[2009]118號文，企業從規劃搬遷次年起的五年內，其取得的搬遷收入或處置收入暫不計入企業當年應納稅所得額，在五年期內完成搬遷年度再按文件規定計入應納稅所得，即搬遷收入可以遞延到5年內納稅；而會計上，轉入“遞延收益”的補償款，要分別與收益相關和與資產相關部分，于不同時期計入損益，因此，企業搬遷補償款會計上計入損益與稅法上確認應納稅所得的時間也就必然會存在差異。